Kwas asparaginowy i lizyna uczestniczą w tworzeniu wiązań jonowych, ponieważ posiadają odpowiednio dodatkową grupę karboksylową i aminową, które w warunkach fizjologicznych występują w postaci jonowej.
Leucyna i walina uczestniczą w tworzeniu oddziaływań hydrofobowych, ponieważ są aminokwasami hydrofobowymi, które unikając kontaktu z wodą, zbliżają się do siebie tworząc oddziaływania stabilizujące strukturę białka.
Wiązania jonowe są tworzone pomiędzy naładowanymi grupami aminokwasów, gdzie jedna grupa ma ładunek dodatni (NH3+) a druga grupa ma ładunek ujemny (COO-). Grupy te oddziałują ze sobą, tworząc silne wiązania jonowe.
Oddziaływania hydrofobowe to interakcje między hydrofobowymi (niepolarnymi) grupami aminokwasów. Są one stabilizowane przez skłonność grup hydrofobowych do unikania wody i formowania oddziaływań ze sobą.