Ochrona gatunków nie służy jedynie zachowaniu różnorodności gatunkowej, ale również sprzyja zachowaniu różnorodności genowej. Każdy osobnik posiada unikalny materiał genetyczny, który zawiera informacje kluczowe dla przetrwania gatunku.
Ma ona również wpływ na zachowanie różnorodności ekosystemów. Każdy ekosystem jest złożoną siatką zależności pomiędzy czynnikami abiotycznymi i organizmami żywymi. Utrata jednego z gatunków może doprowadzić do zaburzenia równowagi w ekosystemie i zniszczyć ten ekosystem.
