Ureaza rozkłada mocznik z wytworzeniem amoniaku, który podwyższa pH w bezpośrednim otoczeniu komórek H. pylori. Pepsyna działa najskuteczniej w silnie kwaśnym środowisku, więc przy mniej kwaśnym, bardziej zbliżonym do obojętnego pH jej aktywność spada i słabiej niszczy białka bakterii.
Bakteria tworzy wokół siebie mniej kwaśną strefę ochronną.