Pompa protonowa (H⁺-ATPaza) obecna w błonie lizosomu to specjalny enzym, który aktywnie transportuje jony wodorowe (H⁺) z cytoplazmy do wnętrza lizosomu, wykorzystując energię z rozpadu ATP.
Dzięki temu pompa obniża pH wewnątrz lizosomu, tworząc kwaśne środowisko niezbędne do prawidłowego działania enzymów lizosomalnych (hydrolaz). To kwaśne środowisko umożliwia efektywne rozkładanie różnych makrocząsteczek, co jest kluczowe dla procesów trawienia wewnątrzkomórkowego i utrzymania prawidłowej funkcji lizosomów.
Bez działania pompy protonowej enzymy te byłyby nieaktywne, a degradacja substancji w lizosomach zaburzona.