Działania człowieka mają bardzo duży wpływ na hydrosferę. Intensywne nawadnianie pól prowadzi do zmniejszania się ilości wody w jeziorach, a nawet do ich całkowitego wysychania tj. w przypadku Jeziora Aralskiego. Kolejnym zagrożeniem dla hydrosfery jest duże zanieczyszczenie wód, które jest spowodowane wypłukiwaniem z pól sztucznych nawozów oraz środków ochrony roślin, a także odprowadzaniem ścieków komunalnych bezpośrednio do rzek. Zanieczyszczenie zbiorników wodnych prowadzi do eutrofizacji wód. Działalność człowieka przyczynia się również do zmiany biegu wielu rzek poprzez budowę kanałów, tam oraz sztucznych zbiorników. Przykładowo w wyniku budowy Wysokiej Tamy na Nilu zmniejszyła się powierzchnia delty tej rzeki.
Eutrofizacja wód występuje, gdy w zbiorniku wodnym znajduje się nadmiar minerałów i składników odżywczych. Następuje wtedy intensywny porost glonów oraz zmniejszanie ilości tlenu w wodzie.