NIE, nukleotydy są połączone w obrębie nici podwójnej helisy.
Zasada azotowa pochodząca z jednego nukleotydu, jednej nici DNA, łączy się z zasadą azotową drugiego nukleotydu pochodzącego z drugiej nici DNA. Zatem nukleotydy nie łączą się tylko w obrębie jednej nici DNA.