Wymienia się następujące podstawowe rodzaje ochrony różnorodności biologicznej:
- ochrona gatunkowa organizmów,
- ochrona obszarów (na przykład leśnych, górskich, wiejskich),
- ochrona pojedynczych obiektów (na przykład konkretnych drzew).
Możemy wyróżnić także ochronę bierną i czynną. Bierna odnosi się do niedopuszczania ingerencji człowieka w ekosystem, a ochrona czynna zakłada czynny udział człowieka w ochronie bioróżnorodności (poprzez np. wycinanie drzew gatunków inwazyjnych – obcych). Możemy wyróżnić także reintrodukcję, czyli ponowne wprowadzenie na dany teren gatunku, który wyginął w danym obszarze. Ochrona bioróżnorodności jest także ustalona prawnie na poziomie genetycznym, gatunkowym i ekosystemowym.