Przez początkowe dni widać wyraźny spadek liczebności wszystkich bakterii, również tych żyjących w jelitach. Siódmego dnia wszystkie bakterie chorobotwórcze są zniszczone, a liczba dobroczynnych bakterii zaczyna wzrastać ponownie.
Podczas leczenia antybiotykami należy zażywać też probiotyki, które wspierają dobroczynne bakterie w układzie pokarmowym. Antybiotyki często niszczą wszystkie bakterie.