Amyloza i amylopektyna różnią się budową łańcucha. Amyloza ma łańcuch nierozgałęziony (jest to polimer liniowy), a amylopektyna - rozgałęziony. Oba związki zbudowane są z reszt alfa-glukozy. Amyloza składa się zwykle z 300-4000 fragmentów D-glukozy, które łączą się wiązaniem alfa-1,4-O-glikozydowym. Amylopektyna jest około dziesięciokrotnie większa od cząsteczki amylozy. Monomery glukozy w łańcuchu głównym również łączą się wiązaniami alfa-1,4-O-glikozydowymi. W miejscach rozgałęzień występują natomiast wiązania alfa-1,6-O-glikozydowe.
Amyloza rozpuszcza się w gorącej wodzie, tworząc zol (koloidalny układ, w którym cząsteczki rozproszone są w cieczy lub w gazie). Amylopektyna nie rozpuszcza się w wodzie zimnej, a w wodzie gorącej pęcznieje.
