Największe zróżnicowanie pod względem narodowościowym występowało na obszarze Bośni i Hercegowiny.
Skomplikowana sytuacja powstała na terenie Bośni i Hercegowiny, gdzie zamieszkiwali muzułmanie bośniaccy, Serbowie, Chorwaci. Serbowie nie chcieli zerwania z Jugosławią. Większość jednak stanowili Chorwaci i muzułmanie bośniaccy, którzy dążyli do wyrwania się spod przewagi serbskiej i prawosławnej.
Rząd bośniacki w październiku 1991 r. zapowiedział wystąpienie z federacji i usamodzielnienie republiki. W Bośni w lutym 1992 r. przeprowadzono referendum, w którym większość głosujących wypowiedziała się za oderwaniem od Jugosławii i usamodzielnieniem. Unia Europejska w marcu 1992 r. uznała nową republikę za suwerenne państwo, które zostało przyjęte do NATO. Serbowie bośniaccy w odpowiedzi w kwietniu 1992 r. Proklamowali utworzenie Republiki Serbskiej Bośni i Hercegowiny. Granic rozdzielających poszczególne republiki nie dało się wytyczyć. Rozpoczęła się wojna domowa, która trwała do 1995 r. W czerwcu 1992 r. Bośniacy zerwali współpracę z Chorwatami. Walki miały krwawy i brutalny charakter. Przeprowadzano czystki etniczne, aby uzyskać obszary jednolite etniczne i wyznaniowo. Wszystkie trzy strony popełniły wiele zbrodni wojennych.
Rada Bezpieczeństwa ONZ 22 lutego 1993 r. powołała do życia Specjalny Trybunał Międzynarodowy, do sądzenia osób oskarżonych o popełnienie zbrodni. W końcu 1995 r. pod naciskiem Stanów Zjednoczonych podjęto rozmowy pokojowe, które doprowadziły do zawarcia porozumienia w Dayton w 21 listopada 1995 r.