Użycie bakterii Pseudomonas fluorescens w celu zmniejszenia skażenia gleby jonami amonowymi nie było zasadne, ponieważ bakterie te należą do bakterii denitryfikacyjnych, czyli redukujących azotany do azotu cząsteczkowego. Aby zmniejszyć skażenie gleby jonami amonowymi, należałoby użyć bakterii nitryfikacyjnych, które utleniają amoniak do azotanów.
Grupy bakterii biorące udział w obiegu azotu w przyrodzie: bakterie brodawkowe (z rodzaju Rhizobium), bakterie nitryfikacyjne, bakterie glebowe (tlenowe z rodzaju Azotobacter i beztlenowe z rodzaju Clostridium), cyjanobakterie, bakterie denitryfikacyjne.
Azot przekształcany jest w amoniak, a później do jonów amonowych, które są następnie utleniane do azotanów (III), a te do azotanów (V) pobieranych przez rośliny i wykorzystywanych do syntezy związków organicznych – w znacznej mierze białek i kwasów nukleinowych.