Niekontrolowane rozprzestrzenienie się odmian roślin GMO w środowisku może doprowadzić do wyparcia naturalnie występującego gatunku lub w wyniku modyfikacji genetycznej do pojawienia się niebezpiecznej dla ekosystemu cechy.
Nie wszystkie organizmy zmodyfikowane genetycznie są organizmami transgenicznymi, w których to genomie znajduje się gen obcego gatunku. GMO można otrzymać również przez wstawienie dodatkowego genu występującego już w genomie danego organizmu lub zmieniając aktywność konkretnego genu.