Rośliny biorące udział w fitoremediacji mają w swoich tkankach substancje toksyczne, więc jeśli użylibyśmy kompostu powstałego z ich rozkładu do nawożenia innych roślin, substancje toksyczne zostałyby pochłonięte przez uprawiane rośliny, a te zjedzone przez człowieka lub zwierzęta doprowadziłyby do poważnych skutków ubocznych, powodując zatrucie lub choroby.
Wyszczególniamy kilka rodzajów fitoremediacji: fitoekstrakcję, fitostabilizację, fitodegradację, fitowolatylizację i ryzodegradację.