Rośliny biorące udział w fitoremediacji gromadzą w swoich tkankach substancje toksyczne, dlatego też niekontrolowane rozprzestrzenianie się tych roślin może spowodować ich przypadkowe spożycie przez zwierzęta, prowadząc do zatrucia, a nawet zgonu.
Wyszczególniamy kilka rodzajów fitoremediacji: fitoekstrakcję, fitostabilizację, fitodegradację, fitowolatylizację i ryzodegradację.