Standardowa reakcja PCR ma na celu powielanie fragmentów DNA, natomiast materiałem genetycznym wirusa HIV jest RNA, dlatego też nie byłaby ona skuteczna w tym przypadku. Technika RT-PCR polega na konwersji RNA na DNA, co pozwala następnie na powielenie DNA za pomocą standardowej reakcji PCR.
Podstawowe etapy łańcuchowej reakcji polimerazy:
1. Denaturacja nici DNA, czyli jej rozdzielenie na pojedyncze nici w temperaturze ok 95°C.
2. Przyłączanie starterów do matrycowego DNA na skutek obniżenia temperatury do 40-60°C.
3. Wydłużanie starterów przez syntezę nowej nici DNA przebiega w temperaturze ok. 70°C.