Odmiana kawy, której nasiona zawierają mniejszą ilość kofeiny, nie może być uznana za organizm transgeniczny, ponieważ nie wprowadzono do jej genomu genu pochodzącego od innego gatunku.
Nie wszystkie organizmy zmodyfikowane genetycznie są organizmami transgenicznymi, ponieważ GMO można otrzymać również przez wstawienie dodatkowego genu występującego już w genomie danego organizmu lub zmieniając aktywność konkretnego genu.