Kompletna informacja genetyczna, czyli genom, u eugleny mieści się w jądrze komórkowym. Eugleny należą do protistów i ich jądra komórkowe zawierają większość materiału genetycznego w formie chromosomów DNA.
Niektóre eugleny składają się także z takich elementów jak plastydy oraz chloroplasty odpowiedzialne za proces fotosyntezy.