Fermentacja wykorzystywana jest między innymi w:
Przemysł farmaceutyczny: wiele leków jest wytwarzanych poprzez fermentację mikroorganizmów. Przykłady to penicylina, streptomycyna i insulina.Przemysł chemiczny: służy przy produkcji dodatków do żywności, barwników czy konserwantów.Przemysł kosmetyczny: fermentacja jest wykorzystywana do produkcji składników aktywnych, takich jak kwas hialuronowy czy ekstrakty roślinne.
Inne zastosowania fermentacji to także:
· produkcja biopaliw;
· produkcja enzymów;
· produkcja biopolimerów;
· oczyszczanie ścieków;
· produkcja biogazu.