Biblioteka genomowa to cała informacja genetyczna w DNA, która jest zapisana w intronach oraz w egzonach. Biblioteka cDNA to wyłącznie informacja genetyczna pochodząca z egzonów.
Biblioteka genomowa DNA ma w sobie zarówno sekwencje kodujące, jak i niekodujące, więc nie można jej zastosować do produkcji białka bakterii, które nie mogą wycinać intronów.
Z kolei biblioteka cDNA to tylko eksony, a więc takie DNA może być użyte do produkcji konkretnego białka w komórkach bakterii. Nie wymaga ono obróbki potranskrypcyjnej, która nie mogłaby być przeprowadzona przez bakterię.
