Tradycyjna systematyka to wykazywanie pokrewieństw między organizmami. Wykorzystuje się wtedy podobieństwo fenotypowe.
Natomiast filogenetyka molekularna przyjmuje za pokrewieństwo podobne sekwencje DNA.
Filogenetyka molekularna to dziedzina biologii ewolucyjnej, która wykorzystuje dane molekularne, czyli na przykład sekwencje DNA, RNA i białek, aby badać pokrewieństwo ewolucyjne między organizmami. Metody filogenetyki molekularnej opierają się na teorii, że podobieństwa w sekwencjach molekularnych to wynik wspólnego pochodzenia i ewolucji.