Komórki prokariotyczne różnią się tym od komórek eukariotycznych, że nie posiadają jądra komórkowego oraz innych organelli komórkowych: mitochondrium, siateczki śródplazmatycznej oraz aparatu Golgiego. Funkcję jądra u bakterii pełni chromosom bakteryjny (genofor). Materiał genetyczny u bakterii występuje też w postaci plazmidów. Ich materiałem zapasowym jest glikogen i wolutyna. W błonie komórkowej bakterii w przeciwieństwie do komórek eukariotycznych nie występuje cholesterol, za to tworzone są w niej mezosomy, które są odpowiednikami mitochondriów.
| Cechy | Komórki prokariotyczne | Komórki eukariotyczne |
| obecność jądra komórkowego | - | + |
| obecność mitochondriów | -(posiadają odpowiednik - mezosom) | + |
| obecność siateczki śródplazmatycznej | - | + |
| obecność aparatu golgiego | - | + |
| obecność genoforu | + | - |
| obecność plazmidów | + | - |
| materiał zapasowy | glikogen, wolutyna | skrobia, glikogen |
| obecność cholesterolu w błonie | - | + |