Bakterie przystosowały się do autoficznego trybu życia przez produkcję związków organicznych z nieorganicznych substratów w procesie fotosyntezy lub chemosyntezy.
Posiadają one bakteriochlorofile oraz karotenoidy, które pozwalają im na przemianę związków przy wykorzystaniu energii świetlnej lub energii pochodzącej z reakcji utleniania związków.
Bakterie heterotroficzne nie posiadają barwników asymilacyjnych ani możliwości wytworzenia sobie pokarmu, żywią się one martwą materią organiczną lub są pasożytami organizmów żywych.
Specyficzną sytuacją bakterii heterotroficznych jest symbioza z innymi organizmami, w której obie strony tej relacji odnoszą wzajemne korzyści ze wspólnego funkcjonowania np. mikrobiota jelitowa, która zapewnia odpowiednią pracę jelit, ma przez gospodarza zapewnione optymalne warunki do życia.