Podczas koniugacji mikronukleusy obu partnerów koniugacyjnych przechodzą mejozę, a następnie zachodzi wymiana haploidalnych jąder. Jądra łączą się i dochodzi do rekombinacji materiału genetycznego.
Podczas mejozy mikronukleusa może zachodzić crossing-over, który również jest źródłem rekombinacji.