Kościół pod wezwaniem św. Franciszka z Asyżu jest to klasztor franciszkanów. Został wybudowany w XIII w., a jego fundatorem był książę Bolesław Wstydliwy. Obiekt został konsekrowany w 1269 r. Na przestrzeni dziejów klasztor był wiele razy przebudowywany oraz niszczony w wyniku prowadzonych działań militarnych. Najczęstszym powodem zniszczeń były pożary, które nękały go kilkukrotnie. Miało to miejsce m.in. w 1462 r., 1476 r. czy 1655 r. W 1850 r. doszło do pożaru Krakowa, który ogarnął swym zasięgiem znaczną część miasta. Mówi się o nim jako jednej z najpoważniejszych klęsk żywiołowych w historii stolicy Małopolski. Wtedy zniszczeniu uległ również klasztor franciszkanów mieszczący się w centrum miasta.
Świątynie ozdabiają liczne witraże wykonane przez młodopolskiego artystę Stanisława Wyspiańskiego, nad którymi prace trwały na przełomie XIX i XX w. Jeden z nich przedstawia patrona franciszkanów, czyli św. Franciszka z Asyżu.
