Żaden z antybiotyków nie jest obojętny dla organizmu. Stosowanie antybiotyków musi odbywać się zgodnie z zaleceniami lekarza. Podczas stosowania antybiotyku nie wszystkie bakterie giną od razu. Przerwanie kuracji antybiotykowej niezgodne z zaleceniami lekarza może skutkować nawrotem choroby, która stanie się trudniejsza do wyleczenia. Wynika to z tego, że bakterie, które nie zostały zniszczone, uodporniły się na działanie antybiotyku.
Antybiotyki są przepisywane przez lekarza do stosowania w szczególnych sytuacjach, ponieważ zabijają drobnoustroje.