Synteza ATP w fermentacji zachodzi w wyniku fosforylacji substratowej, natomiast w oddychaniu beztlenowym synteza ta zachodzi z wykorzystaniem gradientu protonowego w błonie komórkowej.
Dodatkowo w fermentacji dochodzi do niecałkowitego utlenienia substratu, a podczas oddychania beztlenowego substrat organiczny utleniany jest całkowicie.