Powodzie powstają w Małopolsce ze względu na położenie nieopodal dużego obszaru gór i wzniesień. Topniejący śnieg może powodować powodzie w niższych partiach terenu. Do podtopień dochodzi zwłaszcza podczas dużych opadów, które dosyć często występują na terenie gór. Mniejsze ryzyko powodziowe jest w Kotlinie Sandomierskiej (gdzie wydawałoby się, że jest tendencja ze względu na niższe położenie) – tam wody szybko są w stanie opuścić teren. Podobnie, jeśli chodzi o samą Wisłę – z biegiem rzeki poszerza ona swoje koryto i jest głębsza, w związku z czym szansa na wylanie wody jest dużo mniejsza.
Przyczyną powodzi na pewno są zbyt obfite, kumulujące się opady występujące w stosunkowo krótkim czasie. Zostaje wtedy przeciążony naturalny system wchłaniania. Inną przyczyną mogą być roztopy śniegu i lodu na wiosnę – gdy gleba jest jeszcze zamarznięta utrudnione jest wchłanianie wody. Powódź może nastąpić też w przypadku, gdy w mieście system kanalizacyjny stanie się niewydolny i nie będzie nadążał ze zbieraniem opadów.
Do elementów, które wpływają na występowanie powodzi, można zaliczyć m.in. budowę geologiczną terenu, ukształtowanie terenu, klimat.