Główne krainy geograficzne Małopolski to: Wyżyna Małopolska, Kotlina Sandomierska, Pogórze Karpackie, Wyżyna Krakowsko-Częstochowska, Niecka Nidziańska, Wyżyna Olkuska, Wyżyna Śląska, Kotlina Oświęcimska, Beskid Wysoki, Karpaty, Beskid Niski, Tatry, Gorce i Pieniny. Przez Małopolskę przepływa najdłuższa rzeka Polski, Wisła, której prawe dopływy to: Soła, Skawa, Raba, Dunajec, Wisłoka. Lewe dopływy Wisły to: Przemsza, Szreniawa, Nida, Czarna, Kamienna. Zbiorniki retencyjne Małopolski to: Jez. Rożnowskie, Jez. Żywieckie i Jez. Dobczyckie.
