Protisty zajmują środowisko wodne lub związane z wodą. Samożywne protisty roślinopodobne występują w zbiornikach słodkowodnych i słonych w wodach mórz, oceanów, stawów i jezior. Przykładem może być wolno żyjąca euglena zielona o aktywnym trybie życia lub okrzemki prowadzące osiadły tryb życia, biernie unoszące się w wodzie lub przytwierdzone do roślin czy kamieni w wodzie. Cudzożywne protisty zwierzęce żyją w stawach, jeziorach i rzekach, a te, które są pasożytami mogą zasiedlać inne organizmy. Protisty grzybopodobne w większości występują na ściółce leśnej lub w glebie oraz są pasożytami roślin i zwierząt.
Do protistów roślinopodobnych należą euglena zielona, okrzemka, morszczyn, listownica.
Do protistów zwierzęcych należą: pantofelek, ameba, toksoplazma, świdrowiec, zarodziec malarii.
Do protistów grzybopodobnych należą: fitoftora, śluzowiec.