Zegar biologiczny w organizmie człowieka znajduje się w części mózgu zwanej jądrem nadskrzyżowaniowym przyśrodkowym umieszczonym w podwzgórzu.
Jądro nadskrzyżowaniowe przyśrodkowe otrzymuje sygnały świetlne przez nerwy wzrokowe i przekazuje informacje o zmianach światła do innych obszarów mózgu, kontrolując tym samym rytm dobowy organizmu. To centralne miejsce lokalizacji zegara biologicznego pozwala na koordynację różnych funkcji fizjologicznych zgodnie z cyklem 24-godzinnym.