Dzięki temu, że grzyby saprofityczne odżywiają się martwą materią organiczną, wpływają one na zachowanie równowagi biologicznej. Również z tego powodu uczestniczą w obiegu materii i pierwiastków w przyrodzie, użyźniając tym samym glebę i poprawiając jakość funkcjonowania roślin.
Ciekawe jest, że grzyby jako jedyne organizmy potrafią rozkładać ściany komórkowe roślin, przez co zapobiegają nadmiarowemu odkładaniu się ich szczątek, a pierwiastki w nich zawarte włączane są dalej do obiegu materii i zużytkowane, przez inne organizmy. Enzymy, które umożliwiają to grzybom to celulazy, hemicelulazy i ligninazy.