Reformacja spowodowała podzielenie się krajów tworzących Rzeszę na dwa obozy – Unię Protestancką i Ligę Katolicką – pierwsza z nich była wspierana przez kraje protestanckie, w tym Anglia i Francja, zaś druga przez papieża i cesarza. Podział ten odzwierciedlał sytuację religijną w Rzeszy, która dodatkowo była skomplikowana m.in. przez żywy husytyzm w Czechach.
Religia stała się jedną z przyczyn podziałów wewnątrz Rzeszy – z tego powodu stała się ona areną zmagań nie tylko rywalizujących krajów niemieckich, ale także obcych mocarstw.