W strukturze Komisji Europejskiej najważniejszą funkcję pełni Przewodniczący, który koordynuje działania poszczególnych komisarzy. Ci ostatni z kolei otrzymują wsparcie ze strony stałej służby cywilnej, która jest podzielona na 33 tzw. dyrekcje generalne, a ich dyrektorzy bezpośrednio odpowiadają przed komisarzami. Każda z tych jednostek ma specyficzne kompetencje w zakresie różnych obszarów polityki UE. Natomiast wdrożeniem opracowanych programów zajmują się agencje wykonawcze, takie jak Europejska Agencja Wykonawcza ds. Klimatu, Infrastruktury i Środowiska, oraz Europejska Agencja Wykonawcza ds. Kultury. Funkcję administracyjną pełni Sekretariat Generalny KE, na którego czele stoi Sekretarz Generalny. Ponadto, KE posiada liczne biura na całym świecie, które w państwach UE nazywane są przedstawicielstwami, a w innych krajach ‒ delegaturami.
Natomiast na posiedzeniach Rady Unii Europejskiej (RUE), które odbywają się w Brukseli kilkanaście razy w roku, przewodniczy minister z państwa sprawującego w danym czasie prezydencję w Radzie. Prezydencja jest przyznawana na zasadzie równej rotacji w ramach tzw. grup trzech prezydencji. Zgodnie z tą zasadą trzy uprzednio wybrane państwa przez okres 18 miesięcy kolejno przewodzą różnym składom RUE przez pół roku. Prace Rady wspomagane są przez Sekretariat Generalny oraz Komitet Stałych Przedstawicieli (COREPER), który stanowi najważniejszy organ przygotowawczy RUE. COREPER odpowiada za koordynację większości działań RUE oraz zapewnienie spójności polityk UE w różnych dziedzinach. Komitet ten dzieli się na dwie części:
· COREPER I, odpowiedzialny za przygotowanie posiedzeń sześciu składów RUE,
· COREPER II, który zajmuje się przygotowywaniem posiedzeń czterech składów RUE.
Główną różnicą między organizacją KE a RUE jest charakter funkcji przewodniczącego. W KE przewodniczący jest wskazywany przez Radę Europejską, podczas gdy w RUE przewodniczący pochodzi z państwa przewodzącegoRadzie w danym okresie. Ponadto, w KE państwa członkowskie mają możliwość zgłaszania kandydatur na komisarzy odpowiedzialnych za konkretne obszary polityki UE. Natomiast w RUE za koordynację większości działań i dbanie o spójność działań odpowiada jeden organ, czyli Komitet Stałych Przedstawicieli. Obie instytucje, KE i RUE, posiadają jednak własne struktury administracyjne, a KE utrzymuje swoje biura w wielu krajach na całym świecie.
Komisja Europejska i Rada Unii Europejskiej to dwie z głównych instytucji Unii Europejskiej, które odgrywają kluczowe role w procesie podejmowania decyzji i zarządzaniu sprawami Unii.
Obie instytucje odgrywają kluczowe role w procesie podejmowania decyzji w Unii Europejskiej, choć ich funkcje i zadania są różne. Komisja Europejska zajmuje się głównie inicjowaniem nowych polityk i zarządzaniem programami UE, podczas gdy Rada UE jest miejscem, gdzie państwa członkowskie podejmują decyzje i wypracowują wspólne stanowisko w wielu kwestiach.