Elektroforeza DNA umożliwia rozdział fragmentów DNA w zależności od ich wielkości przez migrację DNA o ładunku ujemnym na żelu przy zastosowaniu prądu elektrycznego w kierunku elektrody dodatniej. Ponieważ małe cząsteczki przemieszczają się w żelu szybciej niż cząsteczki o dużej liczbie par zasad, to cząsteczki o wielkości 200 pz będą położone niżej niż cząsteczki o wielkości 400 pz. Dlatego też prążek widoczny na wyniku elektroforezy właściwy dla obecności Alternaria alternata w próbce odpowiada cząsteczce DNA o wielkości ok. 200 pz.
Elektroforezę DNA możemy zastosować w ustaleniu ojcostwa.