Pod wpływem długotrwałego stresu sok żołądkowy, zawierający kwas solny jest wytwarzany w dużej ilości, który zaczyna niszczyć błonę śluzową żołądka, uszkadzając przy tym jego ściany. Niszczone są wtedy gruczoły śluzowe żołądka, sok przestaje być wydzielany, przez co nie mogą być rozkładane białka, a także niszczone szkodliwe bakterie i wirusy, co powoduje wiele chorób układu pokarmowego i problemy z trawieniem oraz przyswajalnością składników pokarmowych.
Przewlekły stres jest niezwykle groźny dla zdrowia i funkcjonowania organizmu, dotyczy to nie tylko układu pokarmowego, ale wszystkich układów, na których funkcjonowanie wpływa wydzielanie kortyzolu. Szczególnym zaburzeniom będzie podlegał układ odpornościowy i hormonalny, dla których poziom produkowanych hormonów stresu jest sygnałem do wykonywania odpowiednich działań. Wynikiem długotrwałego stresu będą również zaburzenia w obrębie układu nerwowego objawiające się w zaburzeniach koncentracji, nastroju, pamięci.