Jednym z największych zagrożeń dla bioróżnorodności jest intensyfikacja rolnictwa. Pozyskiwanie gruntów pod uprawy to niszczenie naturalnych siedlisk, a wycinka roślinności zmniejsza populację danych gatunków i zabiera schronienie oraz pożywienie zwierzętom zamieszkującym na tych terenach.
Tereny uprawne to zazwyczaj monokultury. Zamiast dziesiątek gatunków występuje tylko jeden, w dodatku zwiększaniu plonów może towarzyszyć używanie nawozów i oprysków.
Wypłukiwane z gleby środki ochrony roślin mogą dostawać się do wód i sprawiać, że rozwijają się glony i fitoplankton. To szkoda również dla ekosystemu wodnego.
Innym szkodliwym zagrożeniem dla bioróżnorodności może być również rozwój przemysłu.