Większość protistów zwierzęcych odżywia się przez fagocytozę lub pinocytozę. Taki sposób odżywiania wymaga specjalnie przystosowanej pellikuli, której grubość i dokładna budowa różnią się u poszczególnych gatunków.
Gdy pellikula jest cienka drobne związki organiczne np. cukry, są wchłaniane przez powierzchnię komórki lub transportu aktywnego.
Jeśli pokarmem są związki wielkocząsteczkowe, wchłaniane są one na drodze endocytozy, podczas której błonie komórkowej tworzy się wpuklenie, które otacza pokarm, odrywa się i tworzy wodniczkę pokarmową.
Endocytoza może zachodzić w obrębie całej powierzchni komórki lub u protistów, które posiadają grubą pellikulę w obrębie cytostomu (miejsce o cienkiej pellikuli). Protisty odżywiające się na sposób fagocytozy, wykształcają pseudopodia umożliwiające zdobywanie pokarmu i ruch. Natomiast te, które odżywiają się przez pinocytozę, posiadają wici lub rzęski, które również zapewniają ruch i przez to zdobywanie pokarmu.
Protisty zwierzęce to organizmy heterotroficzne, wśród których można wyróżnić saprofagi, pasożyty i drapieżniki. To jak cząstki pokarmowe są przez protisty pobierane, zależy od ich wielkości. Cząstki są wchłaniane lub pobierane w procesie endocytozy. Fagocytoza umożliwia pobieranie pokarmów stałych, natomiast podczas pinocytozy pobierane są płyny z rozpuszczonymi w nich związkami.