Ściana komórkowa protistów grzybopodobnych zbudowana jest z celulozy, a komórki strzępek są zaopatrzone w wici. Niektóry z nich mają ciało w postaci śluźni. Komórki protistów roślinopodobnych również posiadają celulozową ścianę komórkową.
Ściana komórkowa protistów roślinopodobnych i grzybopodobnych mogą mieć różną budowę chemiczną, co wynika z ich różnego przystosowania do funkcjonowania w środowisku. Będzie je różniła obecność dodatkowych składników jak białka, lipidy, polisacharydy i sole mineralne.