Reguła komplementarności mówi o tym, że leżące naprzeciwko siebie zasady azotowe w niciach DNA łączą się zawsze w ściśle określone pary:
Adenina nie może łączyć się z cytozyną i guaniną.
Tymina nie może łączyć się z cytozyną i guaniną.
Cytozyna nie może łączyć się z adeniną i tyminą.
Guanina nie może łączyć się z adeniną i tyminą.
Dzięki regule komplementarności zasad azotowych sekwencja jednej z nici DNA dyktuje sekwencję drugiej nici DNA.