Organizmy wskaźnikowe są nazywane bioindykatorami. Bioindykatory to organizmy bardzo wrażliwe na zmiany środowiska, w którym żyją. Mogą pomóc we wskazywaniu stopnia zanieczyszczenia wody, gleby i powietrza.
Na przykład: masowy przyrost sinic świadczy o dużym zanieczyszczeniu wody i jej słabej jakości.
Inne przykłady bioindykatorów to skąposzczety – rureczniki, które licznie zasiedlają bardzo zanieczyszczone wody, np. ścieki. Jeszcze innym przykładem mogą być pierścienice – w przypadku wysokiego zanieczyszczenia wód w danym środowisku, dominującym gatunkiem pierścienic jest np. Capitella capitata.
W przypadku środowisk morskich ważnym bioindykatorem są gąbki – ponieważ odżywiają się poprzez pochłonięcie cząsteczek występujących w wodzie, istnieje duże prawdopodobieństwo, że w ich ciałach mogą zatrzymywać się potencjalnie niebezpieczne substancje i cząsteczki, które realnie wpływają na zanieczyszczenie środowiska wodnego. Poprzez zbadanie gąbek możemy sprawdzić, czy w ich wnętrzach znajdują się niebezpieczne cząsteczki.