Układ w Kiejdanach oznaczał wypowiedzenie unii polsko-litewskiej przez Litwę. Mimo że jego postanowienia w praktyce nie mogły wejść w życie (Litwa znajdowała się pod wpływem Szwecji), a znaczna część wojsk litewskich sprzeciwiała się mu, uwidaczniał on wewnętrzne podziały w kraju oraz gotowość urzędników do działania na rzecz własnych korzyści.
Ostatecznym końcem unii polsko-litewskiej stał się rok 1795 i III rozbiór Polski.