Ugoda w Perejasławiu spowodowała uznanie zwierzchności Rosji nad Ukrainą i wkroczenie wojsk rosyjskich. W wyniku rozejmu andruszowskiego doszło do podziału Ukrainy pomiędzy Rzeczpospolitą a Rosją. Kozacy nie uzyskali upragnionej wolności, ich sytuacja także nie poprawiła się w państwie rosyjskim. Dla Polski straty terytorialne i zawirowania wewnętrzne okazały się mocnym ciosem, a także pierwszym aktem słabości w relacjach ze wschodnim sąsiadem.
Problem kozacki został zaadresowany w późniejszym okresie przez Katarzynę II, która prowadziła politykę prześladowań wobec Kozaków.