W Polsce w XVI wieku nie było żadnych wojen religijnych, a przedstawicieli innych religii niż katolicka nie skazywano na śmierć. Uchwalono też konfederację warszawską w 1573 roku, która zapewniała szlachcie wszystkich religii swobodę wyznania.
Śledzeniem i tępieniem herezji zajmował się działająca od XIII do XIX wieku inkwizycja. Działała w ramach Kościoła katolickiego, ale miała też swoje odpowiedniki wśród wyznań protestanckich – one z kolei były wymierzone w przedstawicieli wiary katolickiej.