Bakterie występują w: glebie, wodzie, na powierzchni ciała, wewnątrz organizmów.
Nie wszystkie bakterie są szkodliwe, są też bakterie pożyteczne np. bakterie zasiedlające ludzki przewód pokarmowy, rozkładające substancje, z których możemy czerpać składniki pokarmowe.
Bakterie można znaleźć praktycznie w każdym środowisku, nawet w najbardziej ekstremalnych – gorące źródła, zbiorniki o dużym zasoleniu.
Bakterie, które żyją z innym organizmem w związku przynoszącym korzyści obu stronom, nazywamy symbiontami, a związek ten symbiozą. Przykładem takie symbiozy są porosty – symbioza sinicy (bakterii) i grzyba. Sinice, zwane inaczej bakteriami zielonymi, przeprowadzają fotosyntezę i dostarczają składników odżywczych grzybowi, a grzyb zapewnia ochronę sinicom oraz wodę i sole mineralne.