1. Różnica kształtu: np. ziarniaki, laseczki.
2. Występowanie: pojedynczo lub w koloniach.
3. Różnica w procesie odżywiania: są bakterie cudzożywne i samożywne.
Poszczególne gatunki bakterii różnią się między sobą. Mogą mieć różne kształty takie jak ziarniaki, laseczki, krętki, pałeczki, śrubowce, przecinkowce. Niektóre bakterie żyją pojedynczo, a inne tworzą charakterystyczne zgrupowania np. dwoinki, gronkowce. Większość bakterii odżywia się cudzożywnie, ale istnieją też takie, które są samożywne – przeprowadzają proces fotosyntezy lub chemosyntezy.