Część rodopsyny, która wnika do wnętrza błony biologicznej budującej dyski w pręcikach, ma charakter hydrofobowy. Hydrofobowe białka mają zdolność oddziaływania z substancjami niepolarnymi, takimi jak tłuszcze i lipidy, co jest istotne w kontekście ich lokalizacji w błonie komórkowej.
Wewnętrzna część retinalu, która łączy się z opsyną, jest hydrofobowa. Jest to ważne, ponieważ dyski pręcików są otoczone przez błonę komórkową, która również jest zbudowana głównie z cząsteczek fosfolipidów – substancji hydrofobowych. Dzięki charakterowi hydrofobowemu retinal może skutecznie wbudować się w wewnętrzną część błony, umożliwiając właściwą funkcję rodopsyny i przekształcenie bodźca świetlnego w sygnał nerwowy, który jest następnie przesyłany do mózgu dla ostatecznej percepcji wzrokowej.