Kwiaty nagonasiennych są zwykle rozdzielnopłciowe. Kwiaty męskie zawierają mikrosporangia, w których powstają ziarna pyłku. Kwiaty żeńskie zawierają zalążki umieszczone na łuskach nasiennych. Zalążki nie są zamknięte w zalążni.
Określenie „nagonasienne” wynika właśnie z tego, że zalążki, a później nasiona, nie są osłonięte przez zalążnię. U wielu nagonasiennych kwiaty są skupione w charakterystyczne szyszki.