Energia kinetyczna protonów determinuje jak daleko w głąb tkanki mogą się one dostać. Średnica oka ma około 30 mm, co pozwala na dotarcie protonów o mniejszej energii do każdego obszaru jego tkanki. Protony w cyklotronie Proteus-235 rozpędzane są do większych prędkości niż w cyklotronie AIC-144, co pozwala na dotarcie protonów w głębsze rejony ciała.
