Wolność wyznaniowa pozwalała czuć się swobodnie również innowiercom. Dzięki temu słuszne jest stwierdzenie, że XVI-wieczna Polska jest państwem bez stosów, czyli państwem, w którym panuje tolerancja dla innych wyznań.
Należy jednak zwrócić uwagę, że w Polsce, zwłaszcza w XVII i XVIII wieku, ponownie nasiliły się wrogie nastroje wobec innowierców.