Enzym posiada centrum aktywne, będące zagłębieniem z określonymi resztami aminokwasowymi, które bezpośrednio łączy się z substratem, tworząc przejściowy kompleks enzym-substrat. Pozostałe aminokwasy budujące enzym są rusztowaniem dla centrum aktywnego.
Enzymy nie zużywają się, po uwolnieniu produktu mogą przyłączyć kolejną cząsteczkę substratu.